Transporto ir logistikos kompetencijos centras (TLKC) , įkurtas 2017m. sujungus du padalinius: Intermodalinio transporto ir logistikos kompetencijos centrą (2007m.) ir Transporto institutą (1998m.) 
TLKC tikslas:
Vykdyti tarptautinio lygio mokslinius tyrimus darnaus transporto srityje, dalyvauti tarptautiniuose ir nacionaliniuose projektuose, taikyti įgytas žinias ir gebėjimus Transporto inžinerijos fakulteto studijų procese. 
TLKC uždaviniai:

• Pritraukti ir išlaikyti aukščiausios kompetencijos mokslininkus, gebančius atlikti tarptautinio lygio mokslinius tyrimus darnaus transporto srityje. Užmegzti ir palaikyti  dalykinius ryšius su išoriniais partneriais: mokslo, verslo ir valstybinėmis institucijomis.
• Stiprinti mokslinį potencialą žalio, integruoto ir sumanaus transporto srityse, dalyvauti  mokslininkų rengimo procese, ugdyti gebėjimus reikalingus darbui tarptautinėse projektuose, pagal galimybes įtraukiant  jaunus specialistus į tarptautinių projektų vykdymą.
• Vykdyti tarptautinio lygmens mokslinius tyrimus (projektus, studijas, rengti rekomendacijas) darnaus transporto srityje, prioritetiniams Lietuvos ir Europos Sąjungos tikslams pasiekti. Remiantis atliktais tyrimais, teikti siūlymus valstybės institucijoms dėl transporto politikos strategijos ir jos įgyvendinimo priemonių.
• Kurti moksliniais tyrimais grindžiamas inovacijas verslui ir visuomenei, skatinant Lietuvos darnų vystymąsi, didinant universiteto konkurencingumą regione ir pasaulyje. Remiantis atliktais tyrimais ir tarptautiniu projektu rezultatais, skleisti informaciją apie inovacijas ir gerąją patirtį darnaus transporto srityje.

Prioritetinė kryptis:

• Darnusis transportas

Prioritetinės tematikos:

• Automatizuotos ir savivaldės transporto priemonės bei eismo saugumas;
• Logistikos ir transporto sistemos, transporto rūšių sąveika, sauga ir integracija;
• Energiją ir aplinką tausojančios transporto priemonės, žalioji logistika;
• Naujos judumo technologijos, IT ir intelektinės transporto sistemos.

Transporto ir logistikos kompetencijos centro direktorius dr. Viktor Skrickij
Europos Sąjungos Baltijos jūros regiono Strategijos transporto politikos  koordinatorius, dr. Algirdas Šakalys