Statybos fakultete studijuoja doktorantai iš Lietuvos ir užsienio. Dauguma doktorantūros vietų finansuojama valstybės, tačiau dalis doktorantų studijuoja savo ar įmonės lėšomis. Fakulteto mokslininkai kasmet aktyviai ir sėkmingai dalyvauja Lietuvos mokslo tarybos (LMT) rengiamame konkurse dėl papildomų doktorantūros vietų, todėl dalis doktoantūros vietų finansuojamos LMT.
Doktorantūros studijos fakultete vyksta keliose mokslinių tyrimų kryptyse:
Statybos inžinerija, 02T
Medžiagų inžinerija, 08T
Vadyba, 03S
Ekonomika, 04S
Fakulete kiekvienais metais sėkmingai apginama 10-12 disertacijų. Doktorantų skaičius fakultete - apie 50. Nuolatinės formos mokslo doktorantūros trukmė - iki 4 metų, ištęstinės formos - iki 6 metų.