Aviacijos technologijų katedra (iki 2000 m. Skrydžių valdymo katedra) įsteigta 1993 m. spalio mėn. Katedros vedėju buvo paskirtas prof. habil. dr. Vytautas Giniotis. Tai profilinė Antano Gustaičios aviacijos instituto katedra, rengianti orlaivių pilotus bei skrydžių vadovus.
 
Iki 2002 m. Aviacijos technologijų katedroje buvo rengiami aviacijos įmonių organizavimo ir valdymo vadybos magistrai. Nuo 2007 m. orlaivių pilotavimo ir skrydžių valdymo vadovai mokomi pagal vientisųjų 5-rių metų studijų programas, suteikiančias aeronautikos magistro kvalifikaciją.
 
2007 metais išleista  aviacijos verslo vadybos bakalaurų neakivaizdininkų laida.
2012 metais vientisąsias orlaivių pilotavimo studijas baigė 3 jungtinių studijų programų kartu su Lietuvos Karo akademija pirmieji absolventai.
 
Nuo 2004 m. katedrai vadovavo doc. dr. Darius Ereminas, nuo 2006 m. doc. dr.  Kazimieras Vytautas Maceika, o nuo 2014 m. katedrai vadovauja doc. dr. Vytautas Rimša.